当時の菅原道真公は宇多天皇に重用され、右大臣まで上り詰めた。しかし、宇多天皇が出家し譲位が成された後、権力闘争に敗れ流罪となってしまう。その際、菅原道真公には、宇多法皇より弥宗僧正づてに法皇の身代わりである薬師如来像が託された。菅原道真公が没した後、大宰府で菅原道真公とともに過ごした薬師如来像は、弥宗僧正の手によって宇多法皇のもとに届けられた。宇多法皇は、道真公への鎮魂の思いと共に全国行脚を弥宗僧正に依頼する。弥宗僧正はその薬師如来像と共に全国を行脚し、最終的に蒜山の地に薬師如来像を安置し寺院を建立した。それが現在の福王寺本尊の薬師如来像である。

当時、寺院名は西念寺と号したのが創りだったが、宇多法皇の母君である、班子皇太后をご神体とする京都福王子神社が創建され、後に西念寺に替わり福王寺を寺号とした。 創建当初から、本山である京都仁和寺の荘園内にあった福王寺も隆盛を極め塔頭寺院など多くの堂宇を構えた。

戦国時代から江戸時代の初頭にかけて、豪姫（前田利家の四女　豊臣秀吉の養女　宇喜多秀家の妻）を当山に迎え入れる。豪姫はキリシタンであり、義母のお福（宇喜多直家の妻）と共に、お福との関りがあった福王寺にてキリスト教（マリア地蔵現存）を信仰していた。お福、豪姫の墓石は福王寺に現存している。
関白豊臣秀吉公の養女を受け入れることなった福王寺は、関白より大きな配慮を賜り堂塔伽藍を一新し大伽藍を構える寺院となった。
豪姫は舞踊に達者であったことから、現在国指定重要無形文化財になっている大宮踊りの振付師であったといわれている。
豪姫が没した翌年、豊臣方でありキリシタンを匿っていた当寺は、徳川幕府の号令により取り潰しに遭う。一部尊像及び法灯はひっそりと護り抜かれる。

ようやく幕府より正式に再建を許されたのは、明和5年（1768）であった。その頃より福王寺本堂の再建が進んでいき寛政8年（1798）に本堂が落慶された。本堂は茅葺屋根の宝形造り、格天井に花鳥風月（薬草曼荼羅）を描く。（雲亭覧水、安田覧水作 市文化財指定）
現存する最も歴史のあるお堂が、この本堂である。